Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HERPUD2Q9BSE4 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms