Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
PDLIM3Q53GG5 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
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