Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms