Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SDC1P18827 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SDC1P18827 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms