Protein–RNA interactions for Protein: Q9P219

CCDC88C, Protein Daple, humanhuman

Predictions only

Length 2,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88CQ9P219 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC88CQ9P219 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms