Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP53Q70EK8 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.9 ms