| CLN3 | Q13286 | AC005622.1-201 | ENST00000636801 | 1703 nt | BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CXorf67-201 | ENST00000342995 | 1929 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | GPR149-201 | ENST00000389740 | 2323 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TRIM11-202 | ENST00000366699 | 2511 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RUNX2-204 | ENST00000371438 | 5698 nt | APPRIS P4 TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PAPOLB-201 | ENST00000404991 | 4262 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LZTS3-203 | ENST00000360342 | 4055 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | UNC5D-202 | ENST00000404895 | 3252 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TBX4-201 | ENST00000240335 | 2470 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | GYPC-202 | ENST00000356887 | 2067 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AL645608.8-201 | ENST00000606034 | 2086 nt | BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PABPC1L-201 | ENST00000217073 | 1851 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FTSJ1-202 | ENST00000348411 | 1892 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TNRC18-202 | ENST00000399434 | 1459 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ACP2-205 | ENST00000527256 | 1499 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ADAMTSL1-208 | ENST00000380570 | 931 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RMDN1-212 | ENST00000519966 | 1164 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC136475.2-201 | ENST00000526612 | 392 nt | TSL 3 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | OVOL1-AS1-202 | ENST00000532454 | 494 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AP000812.2-201 | ENST00000538934 | 718 nt | BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | IFT20-215 | ENST00000585313 | 852 nt | APPRIS P4 TSL 3 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC02351-201 | ENST00000614728 | 289 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AGAP1-213 | ENST00000619456 | 1057 nt | TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | GIT2-202 | ENST00000354574 | 5387 nt | TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TMEM183A-201 | ENST00000367242 | 3019 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ETNK2-203 | ENST00000367202 | 2434 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | MIER1-204 | ENST00000371012 | 2420 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CYP2R1-201 | ENST00000334636 | 2235 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FAM184A-201 | ENST00000338891 | 4141 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | MPPE1-201 | ENST00000309976 | 1636 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CKMT2-202 | ENST00000424301 | 1637 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CACNA1A-238 | ENST00000637276 | 7135 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZMYND11-208 | ENST00000397962 | 2150 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | NEO1-206 | ENST00000558964 | 4441 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CTSB-232 | ENST00000534510 | 1989 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PDCD1-201 | ENST00000334409 | 2114 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FDFT1-202 | ENST00000443614 | 1393 nt | TSL 2 BASIC | 14.98 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TRIM17-205 | ENST00000456946 | 1731 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PCGF3-213 | ENST00000620529 | 1899 nt | BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ARFIP1-202 | ENST00000356064 | 1302 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC006504.5-203 | ENST00000590628 | 1335 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | G6PD-203 | ENST00000393564 | 1661 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | GPR108-202 | ENST00000430424 | 2009 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RTN4-204 | ENST00000357732 | 2390 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CYB5R3-204 | ENST00000407332 | 1849 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | NBPF11-205 | ENST00000615281 | 5494 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ABHD11-201 | ENST00000222800 | 1483 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TUBB6-211 | ENST00000591208 | 1492 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CCDC144A-210 | ENST00000456009 | 2306 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | HAPLN3-201 | ENST00000359595 | 1980 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | MIER1-209 | ENST00000401042 | 1648 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TP73-213 | ENST00000604479 | 1623 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LOX-206 | ENST00000639739 | 1626 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
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| CLN3 | Q13286 | MOGAT3-202 | ENST00000379423 | 933 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AL355864.2-201 | ENST00000447420 | 863 nt | BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC007551.1-201 | ENST00000457394 | 519 nt | BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | HOXC-AS3-201 | ENST00000509870 | 544 nt | TSL 4 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | MTX3-202 | ENST00000512528 | 1280 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PLEKHB1-206 | ENST00000535129 | 1049 nt | APPRIS ALT1 TSL 2 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ENPP7P5-201 | ENST00000541031 | 1031 nt | BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC02279-201 | ENST00000553435 | 737 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ACYP1-206 | ENST00000555694 | 565 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC009065.5-201 | ENST00000565937 | 596 nt | TSL 3 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZNF180-204 | ENST00000586637 | 1023 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC010326.2-201 | ENST00000602124 | 1020 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FP565260.6-205 | ENST00000624120 | 898 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PCBP1-201 | ENST00000303577 | 1750 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LGALS12-205 | ENST00000425950 | 1789 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | TNIP1-211 | ENST00000521591 | 2274 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RND2-202 | ENST00000587250 | 4147 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC139530.2-201 | ENST00000571730 | 1922 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | KIAA0895-208 | ENST00000440378 | 2441 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZYG11A-202 | ENST00000371532 | 3942 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FKBP1C-201 | ENST00000370659 | 1579 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PTEN-201 | ENST00000371953 | 9027 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC124067.4-201 | ENST00000519691 | 2379 nt | BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | KLHL33-201 | ENST00000344581 | 1863 nt | TSL 5 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | C8orf33-201 | ENST00000331434 | 2677 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PPM1D-201 | ENST00000305921 | 4778 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PPP1R3G-201 | ENST00000405617 | 4907 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RTEL1-TNFRSF6B-202 | ENST00000482936 | 4931 nt | APPRIS P5 TSL 2 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC00221-201 | ENST00000603633 | 1656 nt | TSL 2 BASIC | 14.97 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | FGFR4-207 | ENST00000502906 | 2638 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZCCHC18-203 | ENST00000537356 | 2907 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RNF112-201 | ENST00000461366 | 3212 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | KCNJ2-AS1-201 | ENST00000590966 | 2442 nt | BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | HEYL-201 | ENST00000372852 | 3661 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | KCNAB2-212 | ENST00000458166 | 1336 nt | TSL 2 BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | PRR19-204 | ENST00000598490 | 1641 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | RDH13-223 | ENST00000610356 | 1931 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | SNAP47-213 | ENST00000617596 | 1905 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | AVPR1B-201 | ENST00000367126 | 2237 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ASTN2-205 | ENST00000361209 | 4622 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | BTBD11-205 | ENST00000490090 | 4614 nt | TSL 2 BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | EIF4E-201 | ENST00000280892 | 1097 nt | TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | CATSPERZ-201 | ENST00000328404 | 743 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | KLHL22-201 | ENST00000328879 | 2616 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | ANKRD23-202 | ENST00000331001 | 2455 nt | TSL 2 BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |
| CLN3 | Q13286 | DDX28-201 | ENST00000332395 | 2169 nt | APPRIS P1 BASIC | 14.96 | □□□□□ -0.01 | | |