Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
CLN3Q13286 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC14.96□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms