Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms