Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms