Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LMO4P61968 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
LMO4P61968 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
LMO4P61968 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms