Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC20.14■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134.9 ms