Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXC11O43248 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXC11O43248 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXC11O43248 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms