Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DYDC1-201ENST00000372202 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CCNB2-203ENST00000559622 1064 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms