Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
VPS29Q9UBQ0 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms