Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms