Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 LRWD1-209ENST00000626402 138 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
NPHP4O75161 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.2 ms