Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
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CHD3Q12873 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
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CHD3Q12873 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
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CHD3Q12873 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
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