Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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HOXA1P49639 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
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HOXA1P49639 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXA1P49639 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXA1P49639 ISLR-202ENST00000395118 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXA1P49639 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
HOXA1P49639 AC118758.2-201ENST00000614242 2813 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
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