Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
LIG1P18858 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
LIG1P18858 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
LIG1P18858 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms