Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 Metazoa_SRP.26-201ENST00000547793 284 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AP001099.1-201ENST00000579385 855 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PSMG2-204ENST00000585331 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC079336.6-201ENST00000624836 613 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 MRPL47-203ENST00000476781 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ANAPC10-201ENST00000309439 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AMTN-201ENST00000339336 1037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 RNU6-650P-201ENST00000365658 111 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ANAPC10P1-201ENST00000395991 556 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SETD4-203ENST00000399205 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 LINC00845-201ENST00000417931 696 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 RPL5P28-201ENST00000418634 693 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SNHG26-202ENST00000422542 1106 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC024601.1-201ENST00000427247 524 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 BMS1P12-201ENST00000428213 706 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 LINC00601-201ENST00000456514 1168 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CRYAB-205ENST00000526180 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 LINC01028-201ENST00000586373 1045 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SLC35A1-205ENST00000622775 1206 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PNLIP-201ENST00000369221 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 CDCA7-203ENST00000410019 1488 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC005702.3-201ENST00000585345 1447 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 SH3YL1-204ENST00000403658 1279 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ERMN-209ENST00000420719 1246 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AL391069.1-201ENST00000422153 358 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 NLGN4Y-AS1-201ENST00000434164 532 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 TCAIM-208ENST00000444602 1056 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 Z77249.1-201ENST00000444622 1175 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 ASPA-202ENST00000456349 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 AC107401.1-201ENST00000503426 685 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH5O43196 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms