Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ATG4BQ9Y4P1 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms