Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SCN9AQ15858 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.7 ms