Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CLN3Q13286 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
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CLN3Q13286 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
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CLN3Q13286 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
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CLN3Q13286 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
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