Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.7 ms