Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
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