Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms