Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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