Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.4 ms