Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms