Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LIM2P55344 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LIM2P55344 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LIM2P55344 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms