Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SDC1P18827 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SDC1P18827 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SDC1P18827 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms