Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
USP28Q96RU2 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms