Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SCN9AQ15858 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms