Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
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