Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms