Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TCOF1Q13428 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
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