Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms