Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
SDC1P18827 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.1
SDC1P18827 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms