Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMD1Q9UGP4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMD1Q9UGP4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms