Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CLIP4Q8N3C7 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms