Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A3Q14050 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL9A3Q14050 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A3Q14050 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL9A3Q14050 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
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