Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
COL6A3P12111 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL6A3P12111 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A3P12111 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms