Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms