Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms