Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HDAC4P56524 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms