Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
ZNF540Q8NDQ6 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms