Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NPHP3Q7Z494 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms