Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
SCN9AQ15858 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms