Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.9 ms