Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.4 ms